Simulación y análisis computacional en Biología de Sistemas
Máster Universitario en Lógica, Computación e Inteligencia Artificial (Curso 2018-2019)
Temas

• Presentación.
• Tema I: Introducción.
• Tema II: Modelización matemática de sistemas dinámicos complejos.
• Tema III: Modelos estocásticos clásicos de sistemas biomoleculares.
• Tema IV: Modelización computacional basada en sistemas de membranas.
• Tema V: Modelos estocásticos basados en sistemas de membranas. Aplicaciones:
  • Rutas señalizadoras de proteínas: (a) factor de crecimiento epidérmico EGFR; y (b) apoptosis mediatizada por la proteína FAS.
  • Comunicación inteligente de bacterias: Quorum sensing en la bacteria Vibrio Fisheri.
  • Regulación génica. Sistema de regulación de genes en procariotas: El Operón Lactosa en E. coli.
• Tema VI: Modelos probabilísticos basados en sistemas de membranas. Aplicaciones:
  • El quebrantahuesos en la zona pirenaico-catalana.
  • Efectos de los pestivirus en el rebeco de la zona pirenaico-catalana.
  • El mejillón cebra en el pantano de Ribarroja (Endesa S.A.).
  • El Giant Panda Breeding Base (Chengdu, China).
• Tema VII: Software para la simulación de modelos computacionales basados en sistemas de membranas.
  • P-Lingua.
  • MeCoSim.
  • Aceleración de simuladores: GPU.

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Mario de J. Pérez Jiménez